介绍-nichebook

​ 这本书来自于nicheerfeng读硕士期间的工作和学习笔记，该书籍会在未来五年内持续更新。

​ 鉴于笔者学习期间，从零开始，到逐渐和熟悉生态建模的流程和相关问题，已经花费了太多不必要的时间。并且考虑到国内外生态位建模领域以及相关交叉学科的发展情况还差距较大，现将相关笔记整理成册，以供对生态建模方向有兴趣者迅速入门和了解该领域的过去、现状、未来的研究历程。

​ 生态位建模领域发展已有120余年的研究历史，自达尔文时代所关注的“物种地位”出发，生态学研究者从物种、种群、群落作为研究视角，借助不断发展和衍生的测量和统计工具，以局域、区域和全球三个生态系统三个尺度作为研究对象，来不断迭代和扩展生态学和生态位的研究思路。不仅如此，生态位理论在发展的同时，与其相关的交叉领域也在迅速衍生，尤其是从生物多样性的视角出发，包括物种分布区预测、入侵物种风险评估、古生物学历史追溯、物种保护与灭绝风险评估、物种演化历史，甚至人类传染病与预防等多个交叉领域。

​ 上述这些交叉学科的融合在最初的发展历程中往往来自于作者天马星空式的想象力，例如乔慧捷老师课题组近期发表的《Learning niche features to improve image-based species identification》，该文通过构建生态位特征与图像特征相结合的联合深度学习模型“NicheNet”来提高动植物图片识别率。实际上笔者在这篇文章发表的前两年就已经针对近缘种种下差异大，种间差异小的识别问题展开过分析和研究，但限于专业水平和研究方向的限制，未能成行。因此，这说明该领域的创造不仅需要天马行空的想象力，还需要与之匹配的算法设计思维和coding能力。而coding能力，又不仅仅来自于计算机科学，还需要结合专业知识背景，例如遥感分析、生态数据建模解读、生态知识背景等等。总的来说，至少针对于初学者来说，可能niche model的理论及实践历程是非常陡峭的学习曲线。

​ 因此，此书也应景而生。此书有三大特点：第一，此书尚不完善，但会持续更新，因为笔者热爱宏观生态学，想借此来解析“上帝的艺术品”。第二，简化相当多的代码，构建函数工作流。尽管函数工作流方法可能会增加运行时间，但至少在一定程度上会降低反复查找和重写代码的高消耗。第三，本书尽可能包含了目前生态位建模的所有交叉领域，并通过持续关注该领域内高被引作者工作的方式来不断更新迭代此书的理论基础和方法模型。

​ 最后，感谢您阅读本书并分享您发现的问题。本书作者还有相关博文会随时更新该领域零碎的研究进展https://nicheerfeng.github.io/，欢迎收藏关注。另外，欢迎联合投稿，共同写作和修改此书，请邮件或者评论沟通联系。

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