第 10 章统计书籍

10.1 R-统计书籍

10.1.1 tidyverse相关

## 使用tidyverse流来构建数据清洗、整理、建模及可视化流程：
https://moderndive.com/index.html

## 使用tidyverse进行数据统计的最关键书籍 -R 数据科学
https://r4ds.had.co.nz/

## The tidyverse style guide 编程风格指南；
https://style.tidyverse.org/index.html

## Modern R with the tidyverse
## 包含Rstudio介绍、函数、数据统计、图表、统计建模、R包开发和标准化报告等；
https://b-rodrigues.github.io/modern_R/

## 《R语言编程—基于tidyverse》 -张敬信-统计学教师
https://zhuanlan.zhihu.com/p/198185888

10.1.2 ggplo2相关-网站

## poltly:交互式R视图
# 提供海量R图形和对应的R代码 
https://chart-studio.plotly.com/feed/#/

## The R Graph Gallery
这是使用R 编程语言 制作的图表集合，画廊将重点放在 tidyverse 和ggplot2上
https://www.r-graph-gallery.com/

## R代码图表编辑指南：
# 提供大量的图表及原始代码；还包括BASE R、ggplot2和颜色的各种图表设置
https://r-charts.com/

## GGPLOT2最经常绘制的50种图形：
http://r-statistics.co/Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html

10.1.3 绘图指南

## Data Visualization with R
# 单变量图、多元变量图、地图、时间相关图、统计出图、交互式图表和其他特殊图表：
https://rkabacoff.github.io/datavis/

## Fundamentals of Data Visualization
# 包含数据可视化的类型、数据可视化的原则和误区，以及其他补充
https://clauswilke.com/dataviz/

##  数据可视化实用的介绍 Data Visualization A practical introduction
## 包含ggplot2的设计美感、各种绘图参数设计以及绘图优化等
https://socviz.co/index.html#preface

## ggplot2的绘图指南：
# 这是Springer 出版的“ggplot2：用于数据分析的优雅图形”的第 3 版正在进行中的在线版本。
https://ggplot2-book.org/index.html

10.1.4 绘图相关的博客

## 目前最全的R语言-图片的组合与拼接
https://www.jianshu.com/p/fcfc3c7cb4e0

## R---plot()参数详解
https://www.jianshu.com/p/419d84e83548

10.1.5 医学指南相关

############ 纯统计相关 ####################
## 医学统计学：偏理论公式推导-无代码；
https://wangcc.me/LSHTMlearningnote/index.html

## 医学统计学-读书笔记：
# 某个医学研究生的读书笔记：偏向于理论公式推导
https://bookdown.org/wxhyihuan/Notebook-of-medical-statistics-1605856202966/

## Prism 9 统计指南 - 统计学原理
http://www.graphpad-prism.cn/guides/prism/9/statistics/stat_---_principles_of_statistics_-.htm

############ R代码实现统计相关 ####################
## 临床医学统计-偏R代码实现；
https://bookdown.org/jbrophy115/bookdown-clinepi/

## (Mostly Clinical) Epidemiology with R
# 数据分析、关联、统计推断、临床设计、因果推断、混杂因素、偏差分析、分类、
https://bookdown.org/jbrophy115/bookdown-clinepi/

##　使用 R 进行可重复的医学研究 -- 很重要的一本书
# 数据清洗、临床统计、样本量计算、随机化、可视化
https://bookdown.org/pdr_higgins/rmrwr/

## 科研者之家提供的部分医学相关的R代码实现统计知识：
https://www.home-for-researchers.com/static/index.html#/

## 流行病学家 R 手册  R for applied epidemiology and public health
https://epirhandbook.com/en/index.html

## 提供简易的R医学课程指导，包括最常用的cox回归等知识；
https://argoshare.is.ed.ac.uk/healthyr_book/

## R实现分组调查设计和分析：
Survey Design and Analysis
https://bookdown.org/mpfoley1973/survey/#the-survey-package

## 提供是生存分析，多种回归的优化解析方案：
https://argoshare.is.ed.ac.uk/healthyr_book/summary-2.html

10.1.6 医学统计R包

## 2021年八月：新的 CRAN 医学软件包的“前 40 名”精选 --这个还需要更仔细研究下
https://rviews.rstudio.com/2021/08/12/r-medicine-2021/

10.1.7 医学统计相关博客

## 简书中提供的大量关于医学统计相关的信息：
https://www.jianshu.com/search?q=%E4%B8%B4%E5%BA%8A%E6%95%B0%E6%8D%AE%E7%BB%9F%E8%AE%A1%E5%88%86%E6%9E%90&page=1&type=note

## 真实世界研究相关的资料：
# 超越数据——了解 RWE 如何应用于肿瘤学研究和药物开发。
https://rwe.flatiron.com/

## 医学统计学相关的课程全集：--医垰会
https://www.mediecogroup.com/zhuanlan/lessons/772/?utm_source=wechat1211

10.1.8 统计指南-R代码实现

## 高级统计建模（课程代码）：--R代码实现：
https://www.stat.cmu.edu/~cshalizi/ADAfaEPoV/
https://www.stat.cmu.edu/~cshalizi/mreg/15/

https://adv-r.hadley.nz/index.html

http://adv-r.had.co.nz/Functional-programming.html

https://stat545.com/functions-part1.html

https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/advanced-r-programming.html

https://discdown.org/rprogramming/functions.html

## 因果数据科学指南：
https://tlverse.org/tlverse-handbook/index.html

## 聚合大量统计学知识：-附R代码实现；
https://rcompanion.org/handbook/K_01.html


## 主要参考书籍：数据科学的 R 编程  R Programming for Data Science
## 建议日常打开放在网页中使用：
# 包含：数据存储、数据分组、时间、dplyr、循环控制函数、字符正则、代码优化、
# 数值模拟、并行计算；
https://bookdown.org/rdpeng/rprogdatascience/

10.1.9 数据建模相关

## 使用 brms、ggplot2 和 tidyverse重新思考统计数据
https://bookdown.org/content/c23e1ece-b5d6-4cab-8d8e-978c2e5b7a53/

## 快速入门 | mlr3 书
https://mlr3book.mlr-org.com/

10.1.10 整合流程

## quick R 数据输入 数据管理 统计数据 高级统计 图表
https://www.statmethods.net/stats/withby.html

## 数据输入 数据管理 统计数据 高级统计 图表 大数据框架
https://techvidvan.com/tutorials/r-hadoop-integration/

## R语言忍者秘笈-数据结构、文本、自动化报告、编写R包；
https://bookdown.org/yihui/r-ninja/

## 全学科的R统计指南：简称R大书，包含各个学科知识体系：
https://www.bigbookofr.com/

## R语言教程-李东风教授中文版-用于统计课程教学
# 包括：变量、函数、标准化报告和数据统计、绘图、统计建模、文本处理等
https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/index.html

## 高级R ADVANCE R
## 提供大量R 的高阶优化知识，主要包括函数优化和面向对象编程
https://adv-r.hadley.nz/index.html

## 在线书籍pdf：Hands-On Programming with R
## 提供数据输入 数据管理 统计数据 高级统计 图表
https://d1b10bmlvqabco.cloudfront.net/attach/ighbo26t3ua52t/igp9099yy4v10/igz7vp4w5su9/OReilly_HandsOn_Programming_with_R_2014.pdf

## 整洁R代码：特点是包括训练与预测、评估与调优
https://datasciencebook.ca/

## Cookbook for R 中文版
https://www.bookstack.cn/read/Cookbook-for-R-Chinese/040fb5e44c703675.md

10.1.11 博客社区

## R的博客社区-共享书籍：
https://rviews.rstudio.com/2021/11/04/bookdown-org/

## R的博客社区-可提供会议链接和最新的共享代码资源：
https://rviews.rstudio.com/

## rmarkdwon编写的统计指南，包含大量R的最新指南信息
https://rpubs.com/

## 提供海量基于markdown格式写的R相关书籍；
https://bookdown.org/

## R-博客，提供大量与R相关的博客知识；
https://www.r-bloggers.com/


## 中文：统计之都
https://cosx.org/

10.1.12 Rmarkdown

## R Markdown Reference Guide
https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf?_ga=2.258283010.941366294.1644810156-143414957.1644300675

## R Markdown Cookbook
# Yihui Xie, Christophe Dervieux, Emily Riederer
# 非常详细且完善；
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/

## R Markdown: The Definitive Guide
# Yihui Xie, J. J. Allaire, Garrett Grolemund
# 更完善的构建文档，包含各个类型文档编写的形式；
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/

10.1.13 R-Rstudio

##  r的各个版本：
https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/

## RStudio Cheatsheets - RStudio-小抄笔记
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

## R中的软件开发：
https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/profiling-and-benchmarking.html

10.1.14 shiny

## master shiny
https://mastering-shiny.org/scaling-functions.html

## shiny工程机应用：
https://engineering-shiny.org/

10.2 使用gitbook写书

## 如何使用gitbook来写书；
https://blog.csdn.net/weixin_39637597/article/details/104456912?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-baidujs_title-2&spm=1001.2101.3001.4242

## gitbook使用指南：
安装：
首先安装nodejs;
然后使用rpm安装gitbook；
npm install -g gitbook-cli
gitbook -V  ## 会自动查看gitbook并更新软件；


## 初始化命令：
gitbook init 生成两个初始文件；readme.md对书籍的简单介绍；summary为书籍目录结构；
gitbook server:预览书目；

## 构建目录：
gitbook子目录写作：
* [zilu](zilu.md)
    -  [zilu](zilu.md)
    - (hrttps)
    
## 安装插件：
在该文件夹下生成book.json文件；
并在npm下搜索相关插件的命令（https://www.npmjs.com/），把对应的代码复制到上面即可；
复制完代码后执行， gitbook install 安装对应的插件；
最后，在进行gitbook serve即可；
# 对应的添加评论插件；
https://www.npmjs.com/package/gitbook-plugin-comments-footer
## 其他可能有用的；
gitbook-plugin-donate(打赏按钮): https://www.npmjs.com/package/gitbook-plugin-donate

gitbook-plugin-github-buttons(GitHub按钮): https://www.npmjs.com/package/gitbook-plugin-github-buttons

gitbook-plugin-edit-link(GitHub编辑按钮): https://www.npmjs.com/package/gitbook-plugin-edit-link


## 命令合集：
gitbook init //初始化目录文件
gitbook help //列出gitbook所有的命令
gitbook --help //输出gitbook-cli的帮助信息
gitbook build //生成静态网页
gitbook serve //生成静态网页并运行服务器
gitbook build --gitbook=2.0.1 //生成时指定gitbook的版本, 本地没有会先下载
gitbook ls //列出本地所有的gitbook版本
gitbook ls-remote //列出远程可用的gitbook版本
gitbook fetch 标签/版本号 //安装对应的gitbook版本
gitbook update //更新到gitbook的最新版本
gitbook uninstall 2.0.1 //卸载对应的gitbook版本
gitbook build --log=debug //指定log的级别
gitbook builid --debug //输出错误信息


## 相关插件：
# 常用插件推荐：
https://blog.csdn.net/qq_37149933/article/details/64170653?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2~default~baidujs_utm_term~default-1.searchformbaiduhighlight&spm=1001.2101.3001.4242
disqus
添加 disqus 评论插件。

* [介绍](README.md)
   - [next](zil.md)
   
## 插件的参考写作方法：
{
    "title": "编写gitbook电子书教程",
    "description": "gitbook电子书教程",
    "author": "sphard",
    "language": "zh-hans",
    "root": ".",

    "plugins": [
        "donate",
        "github-buttons@2.1.0",
        "edit-link"
    ],

    "pluginsConfig": {
        "donate": {
            "wechat": "https://sphard.com/images/wechatpay.jpg",
            "alipay": "https://sphard.com/images/alipay.jpg",
            "title": "",
            "button": "打赏",
            "alipayText": "支付宝打赏",
            "wechatText": "微信打赏"
        },
        "github-buttons": {
            "repo": "darrenliuwei/gitbook",
            "types": [
                "star"
            ],
            "size": "small"
        },
        "edit-link": {
            "base": "https://github.com/darrenliuwei/gitbook/edit/master",
            "label": "Edit This Page"
        }
    }
}

## gitbook写作知识进阶 
https://www.jianshu.com/p/a3f2316aee77


## 相关报错解决：
# Gitbook错误cb.apply isnotafunction的解决办法
根据报错路径找到`cb.apply`相关的函数全部注释掉即可；

10.3 使用bookdwon写书

10.3.1 常用功能标记

10.3.1.1 快速预览

## 快速预览章节：
preview_chapter()
## 实时预览更新html:
serve_book()

10.3.1.2 标题命名

## 常规标题：
#使用`#`和`##`等形式来实现自动标题命名，会自动添加序号；

## 不给`#`号标注的行进行标题命名，使用{-}
## 标题 {-}
## 另外一种非编号的写法： {.unnumbered} --注意非编码但仍然可以作为大标题使用；

10.3.1.3 常用Markdown标记

## 块输出：使用`>`做标记；
> --- Mark Twain

## 纯代码块输出，使用`双``点号形式标注
# 与md格式的文件形式是一致的；

10.3.2 R代码的构建

## [1] 2

##  [1] -1.76920533 -0.78936774  0.04017023 -1.36672421 -0.40089046 -0.33401977
##  [7]  0.85150096 -1.39108964 -1.56090217 -0.02001170

图 10.1: A figure caption.

10.3.3 动态r代码

install.packages("webshot")
webshot::install_phantomjs()
DT::datatable(iris)

10.3.4 引入shiny应用

knitr::include_url()
# 或者：
knitr::include_app("https://yihui.shinyapps.io/miniUI/",
                   height = "600px")

10.3.5 指定输出和解析的文件

rmd_files: ["index.Rmd", "chapters/chapt1.RMD", "chapters/chapt2.RMD"]

10.3.6 文件最后修改时间


file.info("文件路径/文件名.Rmd")$mtime

10.3.7 添加指定序号

在00-author.RMD之后的01-文件的首行添加 \mainmatter; 并在每个分级标题第一个一级标题中的右侧添加： # 确立分析目标 {#Establish-analysis-objectives}

10.3.8 辅助知识：—-

1、bookdwon支持解析md格式的文件的html化； 2、仿照别人书的结构是最快速的方法；

第 10 章 统计书籍

10.1 R-统计书籍

10.1.1 tidyverse相关

10.1.2 ggplo2相关-网站

10.1.3 绘图指南

10.1.4 绘图相关的博客

10.1.5 医学指南相关

10.1.6 医学统计R包

10.1.7 医学统计相关博客

10.1.8 统计指南-R代码实现

10.1.9 数据建模相关

10.1.10 整合流程

10.1.11 博客社区

10.1.12 Rmarkdown

10.1.13 R-Rstudio

10.1.14 shiny

10.2 使用gitbook写书

10.3 使用bookdwon写书

10.3.1 常用功能标记

10.3.1.1 快速预览

10.3.1.2 标题命名

10.3.1.3 常用Markdown标记

10.3.2 R代码的构建

10.3.3 动态r代码

10.3.4 引入shiny应用

10.3.5 指定输出和解析的文件

10.3.6 文件最后修改时间

10.3.7 添加指定序号

10.3.8 辅助知识：—-

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